MongoDB a été fondé en 2007 par Dwight Merriman, Eliot Horowitz et Kevin Ryan - l'équipe derrière DoubleClick.
Chez l'entreprise de publicité sur Internet société DoubleClick (aujourd'hui détenue par Google), l'équipe a développé et utilisé de nombreuses données personnalisées stockées pour contourner les lacunes des bases de données existantes. L'entreprise servir 400 000 annonces par seconde, mais avait souvent du mal à faire preuve évolutivité d'agilité. Frustrée, l'équipe a eu l'idée de créer une base de données capable de relever les défis auxquels elle était confrontée chez DoubleClick.
C'est alors que MongoDB est né.