A MongoDB foi fundada em 2007 por Dwight Merriman, Eliot Horowitz e Kevin Ryan - a equipe por trás da DoubleClick.
Na empresa de publicidade na Internet DoubleClick (agora de propriedade do Google), a equipe desenvolveu e usou muitos armazenamentos de dados personalizados para contornar as deficiências dos bancos de dados existentes. A empresa veiculava 400.000 anúncios por segundo, mas muitas vezes sofria com escalabilidade e agilidade. Frustrada, a equipe foi inspirada a criar um banco de dados que superasse os desafios enfrentados na DoubleClick.
Foi quando a MongoDB nasceu.